1227: la flotta preparata da Federico II per la Crociata pronta nei porti di Trani e Brindisi viene fermata da un'epidemia.

1240: Federico II, vista l'assenza, ordina la costruzione di un arsenale presso il castello.

1272: ricostruzione dell'arsenale ordinata da Carlo I d'Angiò, apertura del nuovo braccio di mare e di un faro sulla Torre del Cavallo (mai terminato).

1277: ordine di costruire una catena per la chiusura del porto.

1446: Giovanni Antonio Orsini del Balzo fa ostruire uno dei bracci del porto interno.

1778: riapertura del braccio ostruito del porto interno ad opera dell'ingegner Andrea Pigonati.

Il porto di Brindisi è il simbolo stesso della città rappresentato nel palco del cervo dello stemma e con i due seni del porto interno e il braccio di mare del porto esterno costituisce la prerogativa principale della città fin dall'età romana quando fu il punto di partenza per la Grecia e la terminazione dell'Appia. Delle strutture antiche, medievali e moderne nulla o quasi si conserva: perdute le torri di difesa, l'arsenale angioino, il secondo per importanza nel Regno dopo Napoli (si conserva una struttura forse più tarda), modificati i tracciati dei canali interni e del nuovo braccio, aperto in età angioina e sotterrato dal principe Giovannatonio Orsini del Balzo per impedire lo sbarco del re aragonese per essere riaperto solo nel secolo XVIII con Ferdinando IV che in tal modo liberò una parte della città dalle paludi.

Per i continui mutamenti delle esigenze di navigazione e dei commerci, oggi non conserviamo tracce della storia antica dei seni del porto interno e della morfologia anteriore del braccio di mare esterno ma possiamo osservare solo il castello a mare, il castello svevo e resti di un arsenale.

Blaeu 1663

Alaggio 2009: Rosanna Alaggio, Brindisi medievale. Natura, santi e sovrani in una città di frontiera, Napoli, 2009, 227-245,

Cadei 2004: Antonio Cadei, "Federico II e Carlo I costruttori a Brindisi e Lucera", in Le eredità normanno-sveve nell'età angioina. Persistenze e mutamenti nel Mezzogiorno, Atti delle XV giornate normanno-sveve (Bari, 22-25 ottobre 2002) a cura di Giosuè Musca, Bari 2004, 235-301.

De Leo 1846: Annibale De Leo, Dell'antichissima città di Brindisi e suo celebre porto, Napoli 1846.

Lenzi 1998: Il castello, la Marina, la città, catalogo della mostra documentaria a cura di Elena Lenzi, Brindisi 1998.

Maddalena Capiferro 2002: Giuseppe Maddalena Capiferro, “La casa del turista di Brindisi: un arsenale templare?”, in Materiali inediti per una storia dei Templari nel Regno di Sicilia, Atti del terzo convengo nazionale (Brindisi, 24-25 novembre 2001) a cura di Giuseppe Giordano, Manduria 2002, 83-103.

Marella, Carito 2014: Le fortezze sull’isola di Sant’Andrea nel porto di Brindisi, Atti del convegno di Studi (Brindisi, 19 ottobre 2011), a cura di Giuseppe Marella e Giuseppe Carito, Brindisi 2014.

Marella 2014: Giuseppe Marella, “L’abbazia medievale di Sant’Andrea all’Isola e i suoi capitelli erratici, in Le fortezze sull’isola di Sant’Andrea nel porto di Brindisi, Atti del convegno di Studi (Brindisi, 19 ottobre 2011), a cura di G. Marella e G. Carito, Brindisi 2014, 19-53.

Pigonati 1781: Andrea Pigonati, Memoria del riaprimento del porto di Brindisi sotto il regno di Ferdinando IV, Napoli 1781.

Sciarra Bardaro 1970: Benita Sciarra Bardaro, “I capitelli figurati del Museo provinciale di Brindisi”, Napoli nobilissima, s. III, 9, 1970, 113-117.

Sirago 2000: Maria Sirago, “Il porto di Brindisi dal medioevo all'Unità”, Archivio storico pugliese, 2000, 77-132.